به گزارش راه شلمچه، میلی‌منفرد سوابق مختلفی در وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در دولت‌های پنجم، هفتم، هشتم و یازدهم داشت و در دولت دوم سیدمحمد خاتمی، پس از استعفای مصطفی معین، مدتی سرپرست وزارت علوم، تحقیقات و فناوری شد.
او در سال ۱۳۹۲ از سوی حسن روحانی برای تصدی وزارت علوم و تحقیقات به مجلس معرفی شد که موفق به اخذ رای اعتماد نمایندگان نشد.
